Teenused

Koosluste kirjeldamiseks oleme juurutanud järgmised metoodikad:

  • DNA eraldus
  • Amplikon-sekveneerimine (16S, 18S, ITS) ja täisgenoomne sekveneerimine (WGS):
    • Raamatukogu valmistamine.
    • Instrument: iSeq 100 (Illumina). Vajadusel tellime sekveneerimistöö partneritelt.
    • Andmeanalüüs:
      • Amplikon-järjestuste analüüs: Bion, mothur, QIIME, DADA2, jne.
      • WGS järjestuste analüüs: MetaPhlAn2, HUMAnN2, jne.
  • Metaboloomi kirjeldamine. LC-MS/MS ning HPLC põhine.
  • Koosluste andmeanalüüs (alfa-, beetamitmekesisus, liigirikkus, korrelatsioonid, gruppide statistiline võrdlus, joonised jne). R keele põhine.
  • Batch ja läbivoolukultivatsioonid süsteemid, et uurida polüsahhariidide ja mitteseeduvate komponentide mõju kooslustele in vitro.

Samuti viime läbi toitumisuuringuid, koostame küsimustikke, raporteid.